两个只有 1 微米大的外星小人驾驶飞船迫降在人类鼻腔，他们要赶在被白细胞吞噬前，找到回家的路。
来自微观宇宙的外星生物“普朗克”和“泡利”驾驶纳米飞船在进行空间跳跃时发生故障，被迫紧急迫降——降落点是一个名叫“凯文”的十岁男孩的鼻腔里。他们发现这个巨大的人类身体里充满了危机：迷路时可能被胃酸溶解，被白细胞当作病毒追杀，甚至可能被凯文打喷嚏喷出去。两个小人必须穿越血液河流、神经森林和大脑迷宫，找到位于耳蜗深处的“共振点”发送求救信号。在旅途中，他们遇到了住在凯文肠道里的益生菌部落，并帮助部落抵御了抗生素的入侵。最终，在凯文因为感冒发烧即将被注射抗生素杀死体内所有细菌（包括益生菌）时，普朗克控制了凯文的运动神经，让他偷偷吐出了药片。凯文得救，两个小人也被益生菌们用“屁”发射回了太空。
《头脑特工队》之后最有创意的身体内部探险动画。将生物学知识变成惊险刺激的冒险，寓教于乐。画风古灵精怪，最后靠“屁”发射的设定简直笑疯了。老少皆宜，充满想象力。
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